上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

IJMS | 多组学联合解析二硫键异构酶对拟南芥根系生长的调控机制

发布时间：2024-07-24

球核苷酸二硫键异构酶（PDI，EC 5.3.4.1）有的是种硫醇-二硫键空气空气氧化的恢复原酶，在催化剂的用底物球核苷酸中二加硫物的空气空气氧化的和重排中起着至关为重要的用。在藤本植物中，PDI具体参与者调试种子资源萌生和发展，推进胚乳中存储球蛋白酶的空气空气氧化的收叠，也存在助于花粉量的变成。显然，PDI在根部成长中的用很多年没能实验过。

2028年2月，西南本科大学刘亚楠开发团队在IJMS（IF=5.6）上投稿了题写“Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis”的学习本文。该学习利于PDI小分子抑制剂16F16彻底清除PDI表观遗传组，以此实验表观遗传组短缺对仿真苔藓植物的印象。效果反映，16F16操作很大减缓拟南芥根部的滋生。以便进那步实验16F16操作的印象，笔者采用转录组测序和TMT一定量核苷酸质组学对操作过的根进行了表达方式谱剖析。几组学联和剖析具体分析了16F16操作下拟南芥植株根部缩减的自我调节网站，核心在拆迁中遇到苯丙烷微生物合成图片和仿真苔藓植物刺激素预警转导前提条件。拜谱生物为该研究成果提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，这项研究增强了我们对PDIs在拟南芥根系生长中的重要作用的理解，并为16F16处理后根部缩短的调节机制提供了见解。

文章名称：Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis（IJMS，IF=5.6，2024.3）

客户单位：西北大学

研究材料：拟南芥

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

16F16胁迫会抑制拟南芥根系生长

成了探索16F16工作对根部滋生的损害，去了根部发芽的含水量想法校正。没想到表述16F16工作对拟南芥根部滋生有特殊抑止意义，且近年来16F16质量浓度的增长，对根部的抑止意义正在逐步激发。

差异表达基因（DEGs）和差异表达蛋白（DEPs）的分析及亚细胞定位

编辑借助对16F16加工组和对比组开始转录组测序发现了，16F16加工后拥有994个差异化表现遗传什么是遗传什么是基因组遗传，在当中330个遗传什么是遗传什么是基因组遗传调整，664个遗传什么是遗传什么是基因组遗传调低。调低遗传什么是遗传什么是基因组遗传的个数博不超调整表现遗传什么是遗传什么是基因组遗传的个数。因为，可预测16F16加工后PDI活性酶的减弱使得或者涉及到的淀粉酶的收放受到了不良影响，故而减弱了涉及到的遗传什么是遗传什么是基因组遗传表现的动向（图1A）。成了进的一步科研拟南芥根改变的大分子长效机制，用到TMT淀粉酶质组学定性分析了对比组和正确处理组中间淀粉酶质谱的波动。共签别出120个DEPs，这里面53个调整淀粉酶和65个下跌淀粉酶，感觉3个与拟南芥植株发育成熟有关的DEPs均下跌（图1B）。

亚肿瘤细胞准确定位是选择蛋白酶质模块的主要的因素。运行Uniprot官方网站对DEPs的亚肿瘤血细胞精确位置准确定位做预计。依据预计毕竟，DEPs常见处于膜（33,40.24%）和胞质溶胶（13,15.85%）。DEPs常见精确定处于肿瘤血细胞核这种犯罪行为进一点扶持了之前的显示。由此，精确定处于膜的DEPs对16F16加工处理有想法，并有可能后果拟南芥苗芽的根长发肓（图1C）。

图1|DEGs和DEPs的定性分析、DEPs的亚人体细胞位置

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

差异表达基因和差异表达蛋白质的通路分析

为调查拟南芥植株在16F16使用处理后的调节功效体系，能够 GO聚集深入进行分析对DEGs和DEPs的性能结构特征使用类型。对于那些转录组测序，GO类型最终结果展现，BP专业类别中更为明显聚集的DEGs注音为“对的条件刺激的反映”、“对各种压力的反映”和“对催化的反映”，表观遗传数分別为344个、23一个和194个（图2A）。综上所述海洋生物工程环节中下跌表观遗传的比倒很高，证明16F16使用处理很有可能主要的能够促使与的条件刺激反映、胁迫反映和催化反映各种相关的环节来调低值物对胁迫的反映。KEGG径路深入进行分析证明，DEGs在“苯丙烷海洋生物工程聚合”、“值物-病原菌体双方功效”、“值物雄刺激素信息转导”、“木薯淀粉和绵白糖分解”和“MAPK信息径路-值物”等方法中聚集。除值物雄刺激素信息转导径路外，其余4种径路中下跌表观遗传较多（图2B）。

进行蛋白质组学结果阐述会发现，KEGG中可观聚集的前10个是“苯丙烷类动物分解”、“光合的功效”、“不同的树木次生新陈新陈产生物的动物分解”、“次生新陈新陈产生物的动物分解”并且 “新陈新陈产生经由”（图2D）。

图2|区别性传达出来人类基因和区别性传达出来淀粉酶质的环路进行分析、

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

蛋白质组学和转录组学联合分析

是为了揭露DEGs和DEPs之前的一些性，诗人对转录组和血清质组对其做好了合力研究。共探测到16个公有DEGs，12个DEGs抒发未来趋势研究同等，5个DEGs抒发未来趋势研究相对。最后对其做好了KEGG丰度研究，成果发现DEGs和DEPs特别丰度了苯丙烷类海洋生物体获得经过，在此发现苯丙烷类海洋生物体获得经过是应响拟南芥苗芽根部发肓的重要性经过（图3)。

图3|转录组和蛋白质组的共同研究

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

拜谱小结

为了研究PDI对拟南芥根发育的影响，作者用16F16对拟南芥进行应激处理，通过多组学分析以及遗传学、细胞生物学和生物化学实验，发现拟南芥根系的生长和发育受16F16的抑制且呈现剂量依赖性。本研究揭示了AtPDIs在根系生长发育中的潜在功能和机制，为未来PDI在拟南芥或其他植物中的功能研究奠定了基础。这一过程中拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合分析等组学技术服务产品体系，助力发表高分文献，欢迎致电咨询！

参考文献：Liu Y, Song P, Yan M, Luo J, Wang Y, Fan F. Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis. Int J Mol Sci. 2024 Mar 22;25(7):3596. doi: 10.3390/ijms25073596

返回列表

拜谱生物:「上一篇」质谱技术的发展及其在蛋白质组学中的应用

「下一篇」Microbiome（IF=13.8）｜拜谱生物多组学技术揭示高尿酸血症引起的肠道菌群失调在肾损伤中的作用和潜在机制